データをご入稿する前に「パッケージ」の機能を利用することにより、ドキュメントに配置されたリンクファイルを一つのフォルダに収集することができます。
「プリフライト」チェック後に「パッケージ」機能を実行することをおすすめします。

プリフライト確認後に「プリフライト」のウィンドウの下にある「パッケージ」ボタンをクリックするか、「ファイル」メニューから「パッケージ」を選択します。

「続行」をクリックします。

保存先を指定して、「フォントのコピー（欧文フォントのみ）」、「リンクされたグラフィックのコピー」、「パッケージ内のグラフィックリンクの更新」の3つにチェックを入れ、「パッケージ」ボタンをクリックします。

指定したフォルダにデータが収集されますのでこのフォルダを圧縮して入稿します。